Plutarco adopta la cosmología del Timeo, que era la corriente en su tiempo. Pero se complace sobre todo en cuestiones generales, preguntando: ¿Cómo se ha formado el Cosmos? ¿Qué intervención ha.tenido Dios? ¿Por qué lo ha creado? ¿Con qué instrumentos? ¿Cuál será su destino?
Se diferencia de Platón en que admite una pluralidad de mundos. Por lo menos cinco, en virtud de razones de simbolismo pitagórico. La razón de este pluralismo es que Dios debe tener ocasión de desplegar todas sus perfecciones y poder ejercitar las virtudes sociales y comunicativas (koinonikai aretai). En el Cosmos debe haber solidaridad y amistad. Por esto necesita Dios que haya muchos dioses y muchos mundos.
Dualismo.—Plutarco se plantea la cuestión de la existencia del mal y del desorden en el Cosmos. Para explicarlo admite la existencia de dos principios opuestos y hostiles, a la manera de los maniqueos. En el Cosmos hay una doble vida, una buena y otra mala. Nada existe sin causa. Pero Dios, que es el Bien, no puede ser causa del mal. Por lo tanto, tiene que haber una causa propia del mal, la cual es distinta de Dios. Ambos principios están en lucha incesante. El Bien es el más fuerte. Pero el principio malo (phaule dynamis, dynamis phthartike) no puede ser eliminado por completo. De esta manera el desorden existente en el Universo se explica por la lucha entre dos principios contrarios.
Para ilustrar esta doctrina adopta el mito egipcio de Isis y Osiris. Osiris, rey de Egipto, se casó con Isis, y tuvieron un hijo llamado Horus. Pero Typhon, envidioso, encerró a Osiris en un cofre y lo arrojó al Nilo. Isis lo buscó hasta encontrarlo. Entonces Typhon lo despedazó, y dispersó sus miembros, enterrándolos en distintos lugares. Entre Horus y Typhon estalló una lucha violenta, en la que acabó por triunfar el primero. Osiris resucitó, y fue elevado a la dignidad de dios. Plutarco acomoda este mito a su propósito. «El mito es una forma de discurso, que lleva el pensamiento hacia otros objetos». Osiris representa el principio bueno. Es el «señor y el iniciador de todas las cosas buenas». Es el Alma, la Inteligencia y la Razón (logos). Es el principio del orden en el cielo y en la tierra; la imagen del mundo inteligible; la razón que organiza todas las cosas y pone en todas orden y armonía. Typhon, por el contrario, es el principio malo. En el alma es el elemento pasional, titánico e irracional, y en los cuerpos el morboso y turbulento. Representa las perturbaciones atmosféricas, la sequía, los huracanes, las tempestades, las pestes, las tinieblas, los eclipses de sol y de luna. Isis es el símbolo del tercer principio, femenino (la materia). Es la nodriza y el receptáculo universal. Se la llama «myrionima» (la de los mil nombres) porque puede recibir todas las formas y todas las apariencias. Ama y tiende hacia el Bien, pero sufre también las impresiones del mal. «La Razón ha creado el Todo, formando un conjunto armonioso de partes discordantes. No ha destruido el principio de muerte, pero lo ha paralizado. Así, pues, por una parte es débil e inoperante, y por otra está mezclado y ligado estrechamente a las partes pasionales y versátiles». De esta manera explica Plutarco el origen del mal, mediante un principio que actúa sobre la materia en lucha contra otro principio bueno.