Plotino entende justificar a hipótese platônica segundo a qual é a alma que define o homem, e a hipótese subsequente segundo a qual o corpo é o instrumento da alma imortal que o governa (como Platão escrevia no Alcibiades. Ele expõe assim, nos dois primeiros capítulos do Tratado-2, a tese segundo a qual a alma, que é o que somos propriamente, é imortal. Esta imortalidade a distingue de pronto do corpo. É o erro comum e principal dos atomistas (Epicuro e ses seguidores) e dos estoicos que quiseram definir a alma como um corpo, com o risco de não mais poder dar conta da vida e das principais funções de todo ser vivo (a locomoção, a sensação, o pensamento).
As incoerências doutrinais das filosofia epicuristas e sobretudo estoica são passadas em revisão no Tratado-2 nos capítulos 3 a 8., antes que Plotino tome distância brevemente das definições pitagóricas em seguida aristotélicas da alma. Não lhe resta então senão concluir pela natureza incorporal da alma, imortal e inteligível da alma. Plotino retoma então a lição platônica do fim do Fedon (1021-105e) como aquela da Republica-X (608c-612a): a alma é essencialmente vivente e não pode portanto estar sujeita à morte. Mas dá ainda um peso à afirmação platônica da imortalidade da alma, dizendo desta que é vivente «por ela mesma», e até mesmo que «é por ela mesma». Logo a alma pode ser definida como uma realidade autárcica, que não tem necessidade de nada além dela mesma para viver e cuja existência é inteiramente independente daquela do corpo. Ela confirma assim, como o Uno e o Intelecto, o axioma segundo o qual uma realidade (ousia) verdadeira é causa de sua própria existência. Tal não é o caso do corpo, que não é uma realidade inteligível e que não é causa de sua própria existência: é produto e tem necessidade para viver de ser animado por isto que o produziu. O conjunto do que é corporal (o que se denomina o sensível) não existe senão pelo fato de uma informação seguida de um governo inteligíveis do qual a alma é o sujeito. A alma produz o corpo (ela é a realidade inteligível que engendra a totalidade do sensível), em seguida ela dele toma conta, posto que este último não se basta a si mesmo. É necessário ainda precisar que a alma não produz nem informa imediatamente a matéria. Recusando o recurso tradicional e médio platônico ao paradigma artesanal do demiurgo que trabalha seu material, Plotino introduz uma distância, um intermediário entre a alma e a matéria: são as razões, as «fórmulas racionais» (logoi) que, originárias da alma, avançam na matéria para informá-la. A existência destas «fórmulas racionais» serve a dar conta da formação do mundo sensível, mas também para justificar a bondade que lhe é próprio. Se o mundo sensível participa ao inteligível, é porque o primeiro recebe do segundo uma racionalidade providencial, que o ordena e o aperfeiçoa. Esta razão não é corporal e imanente à natureza, como o sustentavam os estoicos, mas é a determinação que a alma do mundo impõe à matéria para lhe dar forma de corpo; não é em a trabalhando, como um artesão forja seu material, mas em a instruíndo, como um pedagogo forma seu aluno. A cosmologia como a física plotiniana repousam assim sobre a tríplice distinção da matéria, perfeitamente indeterminada, dos corpos formados pelas razões da alma e enfim da alma ela mesma, que é a causa do sensível em sua totalidade.