Empédocles qualifica de «raízes» das coisas (rizomata panton; fgt. 6) os outros elementos fundamentais, que, segundo Aristóteles, é o primeiro a distinguir (31 A 37). O termo de raiz é aproveitado da terminologia pitagórica. Os predecessores de Empédocles tinham investigado qual podia ser o primeiro elemento a partir do qual todos os outros se teriam constituído. Tales decidiu-se pela água, Anaxímenes pelo ar o Heráclito pelo fogo. Empédocles não privilegia qualquer deles e acrescenta a terra aos três precedentes, terra da qual nasceram os seres vivos (31 A 72) e à qual regressam. Estes quatro elementos são imutáveis, homogêneos e não se modificam nunca no decurso das diferentes combinações em que participam. Cada corpo contém um certo número deles, em diferentes proporções. O corpo humano compõe-se de quatro elementos: «As carnes nascem da mistura em partes iguais dos quatro elementos, os nervos, de fogo e de terra unidos ao dobro de água, as unhas vêm aos viventes dos nervos que arrefecem em contacto com o ar, os ossos são formados de uma mistura de duas partes de água e de terra e de quatro de fogo, estando essas partes contidas no interior daí terra. O suor e as lágrimas provêm do sangue liquefeito e tomado mais fluido pelo facto de se ter tornado mais ténue.» (31 A 78)
Esta doutrina teve grande sucesso e encontra-se no Timeu de Platão associada a teorias pitagóricas acerca dos poliedros. Reaparece em Aristóteles, completada com as posições do seco e do úmido, do quente e do frio. Mas encontra-se sobretudo no âmago das escolas médicas, que nela encontravam possibilidade de fundar uma doutrina muito mais satisfatória dos humores e dos temperamentos do que a que era possível extrair das filosofias jônias ou do atomismo.
Tudo o que existe sobre a terra nasceu da terra e da associação dos elementos primitivos: «antes que o sol tivesse brilhado e antes que o dia e a noite tivessem sido separados», nasceram as árvores:
«Crescem impelidas pelo calor que existe na terra, como se fossem partes dela, do mesmo modo que o embrião é uma parte do seio maternal. Os frutos são as excreções da água e do fogo das plantas. As árvores que encerram menos umidade perdem as folhas com o calor do verão, mas as que têm mais umidade conservam-nas, como o loureiro, a oliveira e a palmeira. As diferenças da sua seiva provêm das variações na composição da terra nutritiva que dá às plantas diversas homeomerias. No caso da vinha, não são as diferenças de cepa que dão o bom vinho, mas as diferenças da terra nutritiva.» (31 A 70)
Portanto, a vida e a existência mais não são do que um imenso ciclo, no decurso do qual os elementos e os seres dão origem a novas individualidades.