A investigação filosófica contida no Fédon inicia-se com a postulação de Sócrates de que, embora não seja passível de prova absoluta, existe a esperança fundamentada de que os homens virtuosos encontrem em uma existência ulterior um tratamento superior ao dispensado aos medíocres, assegurando a presença de divindades excelentes como uma certeza inteligível. Sob a terminologia clássica, identifica-se em nós um princípio que se reconhece e se proclama superior à organização corpórea e capaz de lhe sobreviver, emanando de um princípio eterno e universal ao qual se reúne uma vez despojado do invólucro exterior, embora a persistência da consciência individual e das sensações de prazer e dor permaneça no domínio da probabilidade e não da certeza absoluta.

O sistema de pensamento aqui exposto por Platão repousa sobre uma distinção severa e profunda entre o domínio da razão e o da fé, ou entre a certeza e a esperança, estruturando-se em uma primeira parte dedicada a uma cadeia de análises rigorosas sobre a sobrevivência da alma e uma segunda parte composta por verossimilhanças e símbolos mitológicos. A alma é concebida como um princípio intelectual que, tomado substancialmente, está ao abrigo da morte, ainda que a razão não possa revelar com segurança absoluta as formas que tal princípio revestiu no passado ou as que o aguardam no futuro impenetrável.

O reconhecimento humano do dever de se libertar do jugo das paixões, do egoísmo e da corporeidade pressupõe a existência de um princípio livre e distinto do corpo, o qual possui a liberdade essencial para reconquistar sua independência sucessivamente, de modo que o dever moral supõe a liberdade e esta liberdade define a alma como uma entidade capaz de se bastar a si mesma após a dissolução dos órgãos sensíveis.

A ascensão ao conhecimento científico exige a separação dos sentidos e o retorno do olhar da alma para si mesma, utilizando as potências interiores como instrumentos legítimos de pesquisa, uma vez que as ideias universais e necessárias do bem, do belo, do justo e da essência das coisas não derivam de sensações contingentes ou generalizações coletivas, mas de um processo de abstração e pureza inteligível que atesta a energia própria do espírito e sua independência em relação aos órgãos corpóreos móveis e infiéis.

A filosofia assume a função de estancar a fonte dos males advindos da relação entre alma e corpo — origem da contradição, do erro e do vício — elevando a criatura humana à paz e à unidade através da libertação dos desejos físicos, processo que culmina na morte entendida como separação final; assim, o filósofo opera em si mesmo uma morte antecipada pelo triunfo da liberdade sobre os sentidos, transformando o fenômeno da cessação sensorial em um passo decisivo para a imortalidade.

A harmonia da existência fundamenta-se na lei de que os contrários nascem dos contrários, compondo um círculo ativo onde a vida gera a morte e a morte reproduz a vida em um movimento de eterna renovação, impedindo que a morte anule todo ser vivo e altere as proporções da existência universal; nesse fluxo de composição e decomposição, o mais forte deriva do mais fraco e o rápido do lento, assegurando que a alma não tenha o que temer diante da dissolução da organização material.

A tese de que toda ciência é reminiscência implica a preexistência da alma antes da forma humana, pois o julgamento sobre a igualdade de objetos sensíveis, como pedras ou árvores, pressupõe a posse prévia da ideia de igualdade, a qual não pode ser extraída dos sentidos por ser o tipo absoluto do qual as coisas participam apenas imperfeitamente. Se tais noções de belo, bem e justo não são descobertas no mundo das trevas sensorial, elas devem ter sido adquiridas antes do nascimento e obscurecidas pela entrada na existência terrena, assemelhando-se a lembranças que retornam à memória por ocasião das impressões externas.

A indissolubilidade da alma decorre de sua natureza simples, idêntica e permanente, em oposição ao que é composto e visível, pois a dissolução só atinge aquilo que é formado por partes; a alma, ao manter-se vinculada à sua substância e alheia ao tempo e à mudança, revela-se imortal, só sofrendo a influência das afecções depravadas quando abdica de sua liberdade intrínseca e se abandona ao fluxo das coisas passageiras.

A refutação da alma como mera harmonia de uma lira fundamenta-se na constatação de que a harmonia, embora invisível, é um resultado da coleção de partes e desaparece com a destruição do instrumento, enquanto a alma preexiste substantivamente ao corpo e possui existência própria e consciente. Além disso, a alma manifesta uma força que frequentemente contraria os elementos corpóreos, combatendo seus impulsos em vez de ser um mero resultado de seu acordo, o que a caracteriza como uma unidade individual subsistente por si mesma.

A crítica à física superficial demonstra que as explicações baseadas em causas mecânicas — como a disposição de ossos e músculos para o ato de sentar — ignoram o princípio real e a causa primeira do fenômeno, que reside na determinação da vontade dirigida pela inteligência; os verdadeiros princípios são as ideias, elementos interiores e essenciais que organizam a matéria e lhe conferem forma, sendo captados de maneira imediata e simples, sem o auxílio dos sentidos ou do raciocínio discursivo fragmentado.

Conforme a tradição recolhida por Stahl, a alma é o princípio e a causa da vida, assim como o fogo é a causa do calor e a unidade é a causa do ímpar; por ser o tipo primitivo da vitalidade e excluir o seu contrário, a morte, a alma permanece eternamente incorruptível. As ideias, tais como o belo, o bem e o justo, conforme discutido por Sócrates, Cebes e Simmias, não são apenas categorias lógicas como propuseram Aristóteles e Kant, mas elementos integrantes da realidade que reúnem o princípio de ser e o princípio de conhecer, planando sobre a natureza com existência pura e poderosa.

A transição do dogma filosófico para a mitologia popular, analisada por Dacier em paralelo aos profetas e por Proclus em conexão com as tradições do Egito e das margens do Indus e do Gange, apresenta o julgamento das almas, um sistema de punições graduadas para expiação e o retorno à vida sob novas formas. Embora Sócrates encare essas alegorias com um sorriso que trai o ceticismo sem demonstrar desdém, ele as acolhe como uma probabilidade sublime que satisfaz o coração e a imaginação após o convencimento da inteligência.

O destino final da alma, transportada para fora das condições atuais de existência, envolve a purificação dos vícios e a recompensa das virtudes, uma crença que, embora escape ao rigor da demonstração absoluta, é consagrada pelo assentimento universal e pelo desejo indestrutível do espírito humano. A obra culmina na necessidade de viver e morrer na prática da justiça, preparando o princípio intelectual para se reunir ao princípio eterno do qual emana, conforme as visões que inspirariam futuramente a poesia de Dante e Milton.