Os tratados chegaram à estrutura de composição das Enéadas por eventuais reordenamentos e divisões em partes, de modo a serem organizados, segundo Dominic O’Meara, em um número de 54, produto do número perfeito 6 (ao mesmo tempo 1+2+3 e 1x2x3) e do número 9, símbolo da totalidade enquanto último dos números primeiros (de 1 a 10). Esta divisão dos tratados não é de todo desastrosa, pois as diversas partes dos tratados divididos guardam ainda assim sua sequência na edição das Enéadas (VI 1, VI 2 e VI 3, por exemplo).
A operação seguinte de Porfírio foi de organizar os 54 tratados em seis conjuntos de nove (enneades em grego) tratados, designando os tratados a estes diferentes conjuntos segundo o que considerava ser seu tema principal. Este reagrupamento temático destinava-se a abrir o caminho para a ascensão da alma do leitor, se elevando desde os primeiros degraus até a sua última meta segundo a filosofia plotiniana. Assim sendo o primeiro conjunto de nove tratados (Enéadas I, 1-9) se volta para as questões morais, o segundo e o terceiro conjuntos (Enéadas II, 1-9 e III, 1-9) falam do mundo natural, o quarto (Enéadas IV, 1-9) trata da alma, o quinto (Enéadas V, 1-9) do intelecto, e o sexto (Enéadas VI, 1-9) do Uno.
- Tratado 01 (I,6) – Sobre o belo
- Tratado 02 (IV,7) – Sobre a imortalidade da alma
- Tratado 03 (III,1) – Sobre o destino
- Tratado 04 (IV,2) – Sobre a realidade da alma (I)
- Tratado 05 (V,9) – Sobre o Intelecto, as ideias e aquilo que é
- Tratado 06 (IV,8) – Sobre a descida da alma no corpo
- Tratado 07 (V, 4) – Como vem do primeiro aquilo que é depois do primeiro, e sobre o Uno
- Tratado 08 (IV, 9) – Se todas as almas são só uma
- Tratado 09 (VI, 9) – Sobre o Bem ou o Uno
- Tratado 10 (V, 1) – Sobre as três hipóstases que têm nível de princípios
- Tratado 11 (V, 2) – Sobre a geração e o nível das coisas que são depois do primeiro
- Tratado 12 (II, 4) – Sobre as duas matérias
- Tratado 13 (III, 9) – Considerações diversas
- Tratado 14 (II, 2) – Sobre o movimento circular
- Tratado 15 (III, 4) – Sobre o demônio que nos recebeu em partilha
- Tratado 16 (I, 9) – Sobre o suicídio razoável.
- Tratado 17 (II, 6) – Sobre a realidade ou sobre a qualidade
- Tratado 18 (V, 7) – Se há mesmo ideias dos seres individuais
- Tratado 19 (I, 2) – Sobre as virtudes
- Tratado 20 (I, 3) – Sobre a dialética
- Tratado 21 (IV, 1) – A alma é intermediária entre as realidades indivisível e divisível
- Tratado 22 (VI, 4) – Sobre a razão pela qual o ser, uno e idêntico, é por toda parte inteiro
- Tratado 23 (VI, 5) – Sobre a razão pela qual o ser, uno e idêntico, é por toda parte inteiro. (cont.)
- Tratado 24 (V, 6) – Sobre o fato de que aquilo que é além do ser não se intelectualiza
- Tratado 25 (II, 5) – Sobre o sentido de “em potência” e “em ato”
- Tratado 26 (III, 6) – Sobre a impassibilidade dos incorporais
- Tratado 27 (IV, 3) – Sobre as dificuldades relativas à alma (1)
- Tratado 28 (IV, 4) – Sobre as dificuldades relativas à alma (2)
- Tratado 29 (IV, 5) – Sobre as dificuldades relativas à alma (3)
- Tratado 30 (III, 8) – Sobre a contemplação
- Tratado 31 (V, 8) – Sobre a beleza inteligível
- Tratado 32 (V, 5) – Sobre o intelecto e que os inteligíveis não estão fora do Intelecto, e sobre o Bem
- Tratado 33 (II, 9) – Contra os gnósticos
- Tratado 34 (VI, 6) – Sobre os números
- Tratado 35 (II, 8) — SOBRE EL PORQUÉ LOS OBJETOS LEJANOS PARECEN PEQUEÑOS
- Tratado 36 (I, 5) – Se a felicidade cresce com o tempo
- Tratado 37 (II, 7) – Sobre a mistura total
- Tratado 38 (VI, 7) – Como a multiplicidade das ideias se estabeleceu e sobre o Bem
- Tratado 39 (VI, 8) – Sobre o voluntário e sobre a vontade do Uno
- Tratado 40 (II, 1) – Sobre o mundo
- Tratado 41 (IV, 6) – Sobre a sensação e a memória
- Tratado 42 (VI, 1) – Das dez categorias aristotélicas e das quatro estoicas
- Tratado 43 (VI, 2) – As categorias de Plotino
- Tratado 44 (VI, 3) – As categorias de sentido próprias de Plotino
- Tratado 45 (III, 7) – Do tempo e da eternidade
- Tratado 46 (I, 4) – Se os animais podem ser ditos felizes
- Tratado 47 (III, 2) – Da providência (I)
- Tratado 48 (III, 3) – Da providência (II)
- Tratado 49 (V, 3) – A consciência de si mesmo, e o que está Acima
- Tratado 50 (III, 5) – Do Amor ou Eros
- Tratado 51 (I, 8) – Da natureza e origem dos males
- Tratado 52 (II, 3) – Se a astrologia é de algum valor
- Tratado 53 (I, 1) – O organismo e o si mesmo
- Tratado 54 (I, 7) – Do Primeiro Bem e dos Outros Bens